НДС в аптеке: обзор требований законодательства к уплате НДС для аптек

С 1 января 2026 года основная ставка НДС в России выросла с 20 до 22%. Для аптечного бизнеса это особенно заметное изменение: в одной аптеке одновременно могут продаваться товары, облагаемые по ставке 10%, товары с НДС 22%, а также медицинские изделия, реализация которых освобождена от налога. Для аптек на УСН дополнительно действуют специальные ставки 5 и 7%.

При этом ответ на вопрос «платят ли аптеки НДС» зависит не только от ассортимента, но и от налогового режима. Например, аптека на УСН с доходом не более 20 млн рублей может применять автоматическое освобождение от исчисления и уплаты НДС, а при превышении порога должна выбрать между общими ставками и специальными ставками 5 или 7%.

Разберём, какой НДС действует в аптеке в 2026 году, когда аптека освобождена от налога и какую схему стоит рассматривать бизнесу на УСН. 

Какие ставки НДС действуют в аптеке 

Универсальной ставки НДС для всего аптечного ассортимента нет. Даже при применении общего порядка налогообложения часть товаров облагается по ставке 10%, часть — по ставке 22%, а отдельные медицинские изделия освобождены от налогообложения.

С 2026 года основная ставка составляет 22%. При этом пониженная ставка 10% для медицинских товаров сохранена.

В общем виде ситуация выглядит так:

Для ставки 10% применяется перечень кодов медицинских товаров, утверждённый постановлением Правительства РФ №688. Статья 164 НК РФ прямо предусматривает ставку 10% для лекарственных средств, фармацевтических субстанций и лекарственных препаратов, изготовленных аптечными организациями.

К медицинским изделиям подход отличается. Часть из них облагается по ставке 10%, а отдельные виды из перечня, утверждённого постановлением Правительства №1042, не облагаются НДС вовсе при выполнении предусмотренных условий. Это именно освобождение по статье 149 НК РФ, а не «ставка 0%».

Поэтому в учётной системе аптеки важно различать как минимум три режима налогообложения товара: 10%, 22% и «без НДС».

А что с косметикой, БАД и средствами гигиены?

Ставка определяется по конкретной товарной категории и её коду. Если товар не подпадает под льготную ставку 10% или освобождение, применяется основная ставка 22%. Поэтому ассортимент следует классифицировать по номенклатуре и нормативным перечням, а не только по тому, в каком отделе аптеки он продаётся.

Это особенно важно для аптек с широким ассортиментом: косметикой, БАД, детскими товарами, медтехникой и средствами ухода.

Какие аптеки освобождаются от уплаты НДС

«Аптека без НДС» может означать сразу две разные ситуации.

• Аптека на УСН при небольшом доходе освобождается от обязанности исчислять и уплачивать НДС.
• Аптека, которая является плательщиком НДС, может продавать отдельные медицинские изделия или оказывать услуги, освобожденные от налогообложения по статье 149 НК РФ.

Аптека на УСН с доходом до 20 млн рублей

С 2026 года организации и ИП на УСН являются налогоплательщиками НДС, но при соблюдении лимита по доходам получают обязательное автоматическое освобождение от его исчисления и уплаты.

Если доход аптеки за 2025 год не превысил 20 млн рублей, с 1 января 2026 года она работает с освобождением. Подавать отдельное уведомление в ФНС для этого не требуется. Если в течение 2026 года доход превысит 20 млн рублей, обязанность платить НДС возникает с первого числа следующего месяца.

Например, если доход аптеки за 2025 год составил 18 млн рублей, а с января по август 2026 года — 19 млн, она продолжает использовать освобождение. Если в сентябре совокупный доход с начала года превысит 20 млн рублей, исчислять НДС нужно будет с 1 октября.

В июле 2026 года законодательство дополнительно изменили: порог 20 млн рублей решили сохранить не только на 2026 год, но и на 2027–2029 годы. Федеральный закон №228-ФЗ вступил в силу 4 июля 2026 года.

Освобожденные от НДС товары

Независимо от режима аптека может осуществлять операции, которые сами по себе освобождены от НДС.

Например, статья 149 НК РФ предусматривает освобождение для ряда медицинских изделий из установленного Правительством перечня. При этом должны выполняться условия применения льготы, в том числе требования к регистрационным документам медицинского изделия.

Какие услуги аптеки освобождаются от НДС

Есть льготы и непосредственно для аптечных услуг.

Статья 149 НК РФ освобождает от НДС услуги аптечных организаций по изготовлению лекарственных препаратов для медицинского применения, а также по изготовлению или ремонту корригирующей очковой оптики, ремонту слуховых аппаратов и определённых протезно-ортопедических изделий.

НДС для аптеки на УСН в 2026 году

Если доход аптеки на УСН превышает 20 млн рублей, она начинает исчислять НДС. Но это ещё не означает, что ей автоматически нужно начислять 22% на весь ассортимент. У бизнеса есть два варианта.

Вариант 1. Общие ставки НДС

Аптека может применять общие правила главы 21 НК РФ. В этом случае используются:

• 22% — для товаров и операций, облагаемых по основной ставке;
• 10% — для лекарств и других товаров, которые подпадают под льготную ставку;
• 0% — для предусмотренных НК РФ операций;
• освобождение от НДС — для операций по статье 149 НК РФ.

Главное преимущество общего порядка — возможность принимать входной НДС к вычету при выполнении требований НК РФ. Для аптеки это может быть существенным фактором, поскольку значительная часть товаров закупается у поставщиков с НДС.

Вариант 2. Специальные ставки 5% или 7%

Аптека на УСН может вместо общих ставок выбрать специальные ставки НДС.

В 2026 году ставка 5% применяется в установленных пределах дохода, а при дальнейшем росте бизнеса возникает право и обязанность применять ставку 7%. Но здесь есть принципиальный нюанс. Аптека не может применять одновременно ставки 5% к косметике, а к лекарствам 10%.

Если выбран специальный режим НДС 5 или 7%, эти ставки применяются к облагаемым операциям вместо общих ставок 22 и 10%. Одновременно сочетать специальные ставки и обычные в зависимости от товара нельзя. При этом операции, которые освобождены от НДС по статье 149 НК РФ, остаются освобожденными.

При применении специальных ставок 5% или 7% налогоплательщик не заявляет обычные вычеты входного НДС; НДС обычно включается в стоимость расходов. Законодательство предусматривает отдельные исключения для определенных операций.

Какой НДС выбрать аптеке на УСН в 2026 году

Универсально выгодной ставки для всех аптек нет. На первый взгляд 5% кажется очевидно выгоднее 22%. Но при специальных ставках нельзя принимать входной НДС к вычету, тогда как при общих ставках можно. Кроме того, при общем режиме значительная часть лекарственного ассортимента облагается не по 22%, а по 10%.

Поэтому выбирать нужно на основе фактической структуры бизнеса. Для расчёта стоит посмотреть, какую долю оборота составляют лекарства со ставкой 10%, сколько в ассортименте товаров с НДС 22%, каков объём освобождённых операций, сколько входного НДС предъявляют поставщики и какова торговая маржа.

Например, две аптеки с одинаковой выручкой могут получить разный результат. У одной основную долю оборота составляют лекарственные препараты с НДС 10% и большой объём входного налога. У другой — ассортимент с более высокой маржой и иная структура закупок.

Ещё одно послабление появилось именно в 2026 году. Налогоплательщики УСН, которые впервые начали применять специальные ставки 5 или 7% в 2026 году, могут отказаться от них и перейти на общие ставки в течение первых четырёх последовательных кварталов, не дожидаясь окончания общего 12-квартального периода. Это позволяет бизнесу скорректировать решение, если фактическая экономика после перехода оказалась хуже расчётной.

ОСНО, АУСН и ПСН: что с НДС

Аптека на ОСНО

Аптека на общей системе является плательщиком НДС и применяет ставки в зависимости от операций и товаров.

При этом статья 145 НК РФ позволяет организациям и ИП получить освобождение от обязанностей плательщика НДС, если выручка за три предшествующих последовательных календарных месяца не превысила в совокупности 2 млн рублей и выполнены остальные условия статьи. Такое освобождение, в отличие от автоматического освобождения на УСН, требует уведомления налогового органа.

Аптека на АУСН

Организации и ИП на автоматизированной УСН не признаются плательщиками внутреннего НДС. Исключения связаны, например, с ввозом товаров и исполнением обязанностей налогового агента.

Годовой лимит дохода для АУСН — 60 млн рублей, а средняя численность работников не должна превышать пяти человек. Режим действует в субъектах, которые приняли решение участвовать в эксперименте.

Аптека на ПСН

ИП на патенте также не признаётся плательщиком НДС по деятельности в рамках ПСН, за исключением отдельных случаев вроде импорта или обязанностей налогового агента.

Но для аптечного бизнеса есть серьёзное ограничение: реализация лекарственных препаратов, подлежащих обязательной маркировке, не признаётся розничной торговлей для целей ПСН. Поэтому обычную продажу маркированных лекарств перевести на патент нельзя.

С 2026 года действует и новый лимит дохода для ПСН — 20 млн рублей.

Как аптеке перейти на уплату НДС

Если аптека утрачивает освобождение на УСН, отдельно подавать заявление о том, что она «становится плательщиком НДС», не нужно. Но операционно к переходу необходимо подготовиться заранее.

Шаг 1. Определить дату возникновения обязанности. Если доход за 2025 год превысил 20 млн рублей, НДС исчисляется с 1 января 2026 года.

Если, например, доход за 2025 год был ниже лимита, но превысил 20 млн рублей уже в течение 2026 года, обязанность возникает с первого числа месяца, следующего за месяцем превышения.

Шаг 2. Выбрать вариант расчёта НДС. Аптека на УСН выбирает между общими ставками 22/10/0% с налоговыми вычетами и специальными 5/7% без вычетов. Лучше сделать расчёт до возникновения обязанности, чтобы не принимать решение уже после закрытия первого месяца.

Шаг 3. Проверить номенклатуру. Каждая товарная позиция должна быть корректно связана со ставкой или освобождением. Особенно важно проверить лекарства, медицинские изделия и товары широкого аптечного ассортимента.

Шаг 4. Обновить кассу и учётную систему. С 1 января 2026 года форматы фискальных документов предусматривают новую ставку НДС 22%. ФНС рекомендовала пользователям ККТ обновить кассовое и связанное с ним учётное программное обеспечение.

С 2026 года кассовые чеки по операциям, облагаемым основной ставкой, должны корректно отражать НДС 22%. ФНС отдельно изменила форматы фискальных документов и выпустила рекомендации для переходного периода.

Для обычных продаж 2026 года касса должна использовать налоговые настройки, соответствующие текущему режиму аптеки и конкретной операции.

Для аптечной программы переход на НДС затрагивает не только чек. Потребуются корректные налоговые ставки в карточках товаров, настройки поступлений и продаж, учёт входного НДС, а при общих ставках — книги покупок и продаж.

Шаг 5. Настроить отчётность. Если у аптеки появилась обязанность исчислять НДС, необходимо вести соответствующий налоговый учёт и сдавать декларацию.

Налоговый период по НДС — квартал. Декларация представляется в электронном виде не позднее 25-го числа месяца, следующего за отчётным кварталом. Сам налог по общему правилу перечисляется равными долями не позднее 28-го числа каждого из трёх месяцев, следующих за истёкшим кварталом.

Для новых плательщиков на УСН в 2026 году действует специальная мера поддержки: за несвоевременное представление первой декларации по НДС, обязанность по которой впервые возникла в 2026 году, штраф по статье 119 НК РФ не применяется. Мораторий касается только одного соответствующего налогового периода. При этом освобождения от обязанности уплатить сам налог в установленный срок эта мера не устанавливает.

Заключение

В 2026 году НДС в аптеке нельзя свести к одной ставке. При применении общего порядка лекарства и часть медицинских товаров облагаются по ставке 10%, для прочего ассортимента может применяться 22%, а некоторые медицинские изделия и аптечные услуги освобождены от налога.

Для аптек на УСН ключевой порог в 2026 году — 20 млн рублей дохода. Пока он не превышен, действует автоматическое освобождение от исчисления и уплаты НДС. После превышения аптека должна выбрать между общими ставками с правом на вычеты и специальными ставками 5/7% без вычетов.

Именно этот выбор сильнее всего влияет на дальнейший учёт и экономику бизнеса. Поэтому до перехода стоит не только обновить кассу, но и пересчитать структуру продаж, входной НДС, маржинальность и налоговую нагрузку по обоим вариантам.